１９７１年（昭和４６年）、ロンドンで開催された世界大衆薬協会（WFPMM、前WSMI、現GSCF）の第1回大会に参加したＯＴＣ医薬品の有力メーカーによって当協会の前身である日本大衆薬懇談会が創設されました。その後、1984年（昭和５９年）に厚生省薬務局長の諮問機関、医薬品産業政策懇談会より、ＯＴＣ医薬品業界の組織基盤を強化すべきとの提言があり、これを受けて1985年（昭和６０年）4月、ＯＴＣ医薬品に関するあらゆる業界機能を持つ団体として、現在の日本OTC医薬品協会(Japan Self-Medication Industry）が設立されました。

当協会では、委員会活動を中心としてＯＴＣ医薬品の正しい使い方の広報活動、薬の説明書の読みやすく分かりやすい表現方法の研究などＯＴＣ医薬品についてのあらゆる問題を取り上げ、検討しています。また、国際的な視野に立ち、世界セルフメディケーション協会などの国際的な組織団体との交流を深めることも、その事業目的に掲げています。 （組織図はこちら）

現在、日本のＯＴＣ医薬品業界を代表するメーカー７４社が当協会に加盟しています。

　また当協会の会員をもって構成する(一社)日本ＯＴＣ医薬品情報研究会は、主な事業として会員会社のＯＴＣ医薬品、2,400品目を掲載する「ＯＴＣ医薬品事典」を編集しています。その第1版は1988年（昭和63年）に初めて出版され、その後２年毎に発行されています。2022年4月中旬に、「ＯＴＣ医薬品事典」第18版が発行されました。